Unul dintre cele mai importante cazuri judiciare în care a fost implicat Becali este cel legat de retrocedarea terenurilor din zona Băneasa. În 2006, omul de afaceri l-a denunțat pe Puiu Popoviciu la parchei pentru retrocedarea terenurilor. Însă, ulterior, a retras acuzația, fiind investigat pentru declarații contradictorii.
În decembrie 2008, Gigi Becali a fost trimis în judecată în dosarul „Valiza”, suspectat că a oferit o sumă importantă de bani jucătorilor de la Universitatea Cluj pentru a influența un meci din Liga I.
În urma investigațiilor, Becali a fost condamnat la trei ani de închisoare în dosarul „Valiza” pentru mituire și fals în acte, fiind eliberat condiționat în 2014.
În mai 2013, instanța supremă a condamnat pe Gigi Becali la trei ani de închisoare pentru primirea ilegală a terenurilor de la armată. Afaceristul a schimbat un teren mai ieftin cu cele de 30 de hectare, prejudiciind statul român.
Două luni mai târziu, Becali a primit o nouă condamnare de trei ani de închisoare în dosarul „Valiza”, fiind acuzat de mituire și falsificare de acte pentru tentativa de influențare a unui meci.
Pedeapsele anterioare au fost contopite, iar omul de afaceri a fost condamnat la 3 ani de închisoare cu executare.
În 2009, Becali a fost implicat într-un episod controversat, când un individ a furat limuzina sa. Reacția rapidă a antreprenorului a dus la o condamnare de trei ani cu suspendare.
